两者的属性不同
社会医疗保险是国家根据宪法规定，是国家或地方通过立法强制执行的，是一种社会保障制度，以促进全民健康保障；商业医疗保险是由保险人以及投保人签定保险合同，保险公司是以营利为目的，被保险人自愿购买的产品。
两者的保障程度不同
社会医疗保险是基础保障，一般是保而不包，其次保障内容以及报销存在一定的局限性，以维护社会为基础的；商业医疗保险保障内容十分全面，弥补了社保的不足，进口药获得一些特殊药品都可以进行报销，且商业医疗保险产品一般交保费越多，获得的保障也越多，体现权利和义务对等的原则。
两者的作用不一样
社会医疗保险主要是提供居民基础的健康呵护，维护社会稳定，是建设健康中国和和谐社会的指标之一，其保障水平是有限的，当市民有极大的疾病风险时就得不到充分的保障；而商业医疗保险是社会医疗保险的一个必要的补充，可以弥补不足，满足了许多人群的额外保障需求，进一步解决了人们看病难。看病贵等问题。